Alternativas a FOCA para búsqueda/descarga de documentos

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Buenas tardes.

Normalmente para lo que respecta a descarga de los documentos públicos de un sitios web utilizo FOCA.

En ciertas web los documentos no se muestran en FOCA y debo descargarlos uno a uno, ellos normalmente cuando:

• Hay demasiados ficheros de por medio (/1/2/3/4.../18/doc.pdf)
• Cuando la extensión termina en .php?=.../doc.pdf

Mi duda es (para no estar dando clic uno a uno los documentos públicos) ¿hay alguna forma de automatizar las descargas?

Ello considerando herramientas similares a FOCA (o algún plugin para el mismo, que facilite solucionar lo que describo).

Saludos, y de antemano agradezco su respuesta.